平成7年度から理学系研究科生物科学専攻と改組された大学院においては、植物科学の諸専門分野にわかれて、それぞれの指導教員の指導のもとに修士及び博士課程の特別実験を行い、研究の実際を修得しつつ、独創的研究を進めていく。また大学院は本学学生のみならず広く全国的に門戸が開かれている。生物科学専攻全体の受入人員は、修士課程61名、博士課程40名である。大学院における研究テーマは、分子生物学、生化学、分子遺伝学、分子生理学、細胞生物学、形態構造学、分子発生学、生態学、環境生物学、進化多様性生物学など広範囲にわたり、将来を見据えた構成であるとともに、多様な学生の希望に対応できる内容となっている。 本専攻の修士課程並びに博士課程修了者の多くは、大学教員、研究所研究員など、教育、研究職への道を歩んでいるが、最近では民間研究機関へ進む割合が増加している。
最近10年間における卒業生の進学・就職は次の通りで、大学院進学者が多い。
| 年度 | 計 | 大学院 | 研究所 | 企業 | その他 |
| 平成9年 | 13 |
11 |
2 |
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| 平成10年 | 13 |
11 |
2 |
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| 平成11年 | 10 |
10 |
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| 平成12年 | 14 |
14 |
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| 平成13年 | 11 |
11 |
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| 平成14年 | 13 |
13 |
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| 平成15年 | 10 |
9 |
1 |
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| 平成16年 | 11 |
9 |
2 |
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| 平成17年 | 13 |
13 |
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| 平成18年 | 12 |
12 |
