研究テーマは以下のように,多岐にわたっている:ヒトの特異性を決定する遺伝子変化の発見(類人猿ゲノム計画Silver),大規模ゲノム配列比較による遺伝子変換などの進化メカニズムの解析,ゲノム配列比較とマウスを用いた実験を組み合わせた発生関連遺伝子の転写調節領域の進化解析(隅山健太助教を中心とする),ABO式とRh式を中心とする血液型遺伝子の進化解析(霊長類ゲノム内,人類集団内など),新しい機能を獲得した遺伝子の進化解析,脳神経系で用いられている遺伝子の進化解析,ヒト集団の進化史の推定(日本人を含むアジア集団を中心とする),遺伝子進化研究の新しい解析手法の開発(系統樹作成,系統ネットワーク作成,多重整列,塩基置換パターン推定法など),新しいデータベースの開発(配列二次DBやテキスト二次DB),などである。
Kryukov K. and Saitou N. (2010) MISHIMA - a new method for high speed multiple alignment of nucleotide sequences of bacterial genome scale data. BMC Bioinformatics, vol. 11, 142.
Ezawa K., Ikeo K., Gojobori T., and Saitou N. (2010) Evolutionary pattern of gene homogenization between primate-specific paralogs after human and macaque speciation using the 4-2-4 method. Molecular Biology and Evolution, vol. 27, pp. 2152-2171.
Kitano T., Noda R., Takenaka O., and Saitou N. (2009) Relic of ancient recombinations in gibbon ABO blood group genes deciphered through phylogenetic network analysis. Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 51, pp. 465-471.
Takahashi M., Krukov K., and Saitou N. (2009) Estimation of bacterial species phylogeny through oligonucleotide frequency distances. Genomics, vol. 93, pp. 525-533.
Liu Y.-H., Takahashi A., Kitano T., Koide T., Shiroishi T., Moriwaki K., and Saitou N. (2008) Mosaic genealogy of the Mus musculus genome revealed by 21 nuclear genes from its three subspecies. Genes and Genetic Systems, vol. 83, pp. 77-88.
斎藤成也(2007)『ゲノム進化学入門』共立出版.
