現生植物の系統関係や発生機構が分子レベルで明らかになってくると、過去の生物がどのようであったかを知ることの重要性が再認識されてきた。様々な保存状態の化石からできるだけ多くの情報を取り出し、過去の生物を記載復元するだけでなく、さらに生物学的、地球科学的研究へと展開しながら、現生生物学による成果との相互検証を行い、植物の進化過程をより深く理解することをめざしている。特に、鉱化化石という、内部構造の保存された化石の比較形態学的研究を行っており、関連する現生植物の比較研究も必要に応じて行っている。2006年度に導入した高解像度X線CTスキャナは、世界の植物化石研究室では最初のもので、岩石内部の化石の初期観察や非破壊立体復元に威力を発揮している。
現在は,1.維管束植物の進化過程と陸上生態系の変化,2.ゴンドワナ大陸関連植物の分類地理,3.化石裸子植物の多様性と被子植物起源群の探索,4.東アジアにおける被子植物の侵入と多様化過程の追跡、が主要テーマである。2006-2007年度は科研費海外調査「南米中南部における古第三紀以降の植生変遷と地球科学的変動に関する研究」によるチリパタゴニアの植物化石採集調査を行った。
Nishida, H., Pigg, K. B., Kudo, K. and Rigby, J. F. (2007) New evidence of reproductive organs of Glossopteris based on permineralized fossils from Queenslad, Australa. I. Ovulate organ Homevaleia gen. nov. J. Plant Res. 120: 539-549.
Nishida, H. (ed.) (2006)Post Cretaceous Floristic Changes in Southern Patagonia, Chile. pp. 107, Chuo University, Tokyo.
Nishida, H., Pigg, K. B., Kudo, K. and Rigby, J. F. (2004) Zooidogamy in the Late Permian genus Glossopteris. J. Plant Res. 117, 323-328.
Nishida, H., K. B. Pigg and J. F. Rigby. (2003). Swimming sperm in an extinct Gondwanan plant. Nature 422: 396-397.
西田治文(1997)「植物のたどってきた道」NHK出版。
