五放射相称という独自のボディープランを持った棘皮動物(ウミユリ類,ヒトデ類,クモヒトデ類,ウニ類,ナマコ類)をターゲットとして,その系統進化と多様性を明らかにすることを目的として,分類,系統,比較形態,生態,生活史,生物地理,化石など様々な角度からの研究を行っている.フィールドにおける実験観察と標本採集を基本として研究を進めている.現在の研究テーマとしては,1)日本周辺の深海域の棘皮動物相の解明,2)東南アジアのサンゴ礁海域における棘皮動物相の解明とサンゴ礁群集の生態学的研究,3)クモヒトデ類における分子ならびに形態による系統進化の研究,4)深海底に広がるクモヒトデ類の高密度ベッドの成因と維持機構に関する研究,5)クモヒトデ類における幼生期も含めた個体群動態の研究,などを実施している.また,研究室では棘皮動物以外の海産無脊椎動物も対象として研究を行っており,現在は海綿動物を材料とした系統地理学的研究を実施している.
Fujita T. and Namikawa H. (2006) New observations of Ophiocnemis marmorata (Echinodermata, Ophiuroidea) associated with Rhopilema esculentum (Cnidaria, Scyphozoa, Rhizostomeae) in the Philippines and Japan. Mem. Natn. Sci. Mus., Tokyo 44: 31-37.
Fujita T. (2003) Arm regeneration frequency in bathyal populations of Ophiura sarsii off northern Japan. Echinoderm Research 2001, Swetz & Zeillinger, pp. 221-227.
Fujita T. (2001) Submsersible observations on the euryaline brittle star, Asteronyx loveni (Echinodermata, Ophiuroidea), living in association with a gorgonacean. Echinoderms 2000, Balkema, pp.267-272.
藤田敏彦(2001)深海−棘皮動物のパラダイス2.分身の術.「ヒトデ学」東海大学出版会,pp. 107-123,149-158.
藤田敏彦(2000)棘皮動物門 Echinodermata.「無脊椎動物の多様性と系統」,裳華房,pp.231-251.
